войсковом казачьем соборе прошла панихида по генералу Л. Г. Корнилову, одному из лидеров Белого движения. На панихиде присутствовали Верховный правитель России адмирал А. В. Колчак, премьер-министр В. Н. Пепеляев, атаманы Оренбургского и Семиреченского казачьих войск и другие высокие чины. В июле 1919 г., в связи с приказом советского правительства о поголовном истреблении казачества, возникла необходимость созыва чрезвычайного казачьего круга (речь шла о жизни смерти целого слоя русского общества). Пятый чрезвычайный круг Сибирского казачьего войска открылся 7 августа 1919 г. молебном в Никольском соборе.

   Трагический период для войскового собора начался с установлением в Омске советской власти. В 1921 г. «Община христиан право­славного исповедания» при соборе лишилась права владения зданием церкви и занимала его на правах договора на пользование, который был заключён 3 ноября 1921 г. Опись имущества этого периода даёт представление о богатстве церкви, несмотря на то, что в 1919-1921 гг. государством производилась конфискация церковных ценностей. В 1923 г. произошло очередное изъятие церковного имущества в пользу голодающих Поволжья. В последующие годы государство неоднократно изымало церковные ценности без протокола и ведения описей, передавая конфискованные предметы в различные учреждения. По отношению к церковной общине производились различные провокации. В ноябре 1928 г. решением Омского горсо­вета здание передано под культурные ну­жды. Омский окружной административный отдел 10 января 1930 г. получил сообщение, что  ВЦИК утвердил закрытие Никольского казачьего собора. В середине января были сняты церковные колокола (общий вес которых составил 300 пудов), их на санях отправили на переплавку. Оставшееся имущество собора поступило в Западно-Сибирский краевой музей. Колокольня была разобрана, над трапезной и притвором надстроены 2 этажа.

     В разные годы в храме размещались детский сад, клуб строителей им. Степана Халтурина. До 1971 г. в здании размещалась детская хоровая студия «Школьные годы» Омского отделения Всероссийского хорового общества. Она располагалась на втором  и третьем этажах здания, где были оборудованы учебные классы и административные помещения. Иногда, особенно накануне праздничных или отчётных концертов, репетиции хора студии «Школьные годы» проходили в зале собора. Руководила хором студии хормейстер О. А. Платонова. Помещение зала собора использовалось в те годы как склад, в котором хранились качели, карусели, транспаранты, афиши и другое оборудование из городского сада. В 1971 г. хоровая студия «Школьные годы» сменила адрес и переехала на ул. Гагарина, 20.

    Впервые оценку Никольского собора как памятника архитектуры дал в декабре 1924 г. В. В. Барышевцев, член комиссии по охране памятников Западносибирского отдела Русского географического общества. Он отметил, что собор Сибирского казачьего войска, построенный в стиле русского ампира, отличается гармонией пропорций, а по ясности и чистоте классического стиля является одним из лучших сооружений подобного рода в Сибири. В Историческом архиве Омской области сохранился документ с оценкой храма омским краеведом А. Ф. Палашенковым, который с болью писал: «Остановлюсь на одном, с большой трагической судьбой архитектурном памятнике. Имею в виду Казачий Никольский Собор в Городском саду, являвшийся самым лучшим архитектурным памятником нашего города, нужно было гордиться и радоваться его наличием здесь, у нас. Всюду созданные по проектам [В. П. Стасова] здания находятся на союзной государственной охране. И только мы сорвали кровлю с чётко очерченного купола стасовского творения, разрушили на стройной, лёгкой колокольне верхние ярусы с красивым шпилевидным завершением, сломали торжественный западный вход. И смотрят с большим укором на нас обесславленные стены Казачьего собора».

    В 1970 г. появилось решение Омского горисполкома о сносе здания казачьего собора, но благодаря настойчивости омской общественности и деятелей культуры оно было отменено. На основании постановления Совета Министров РСФСР № 624 от 4 декабря 1974 г. Никольский казачий собор признан памятником истории и архитектуры. В середине 1970-х гг. начались реставрационные работы. К 1983 г. собор обрел свой первоначальный вид, 12 июля 1983 г. на храме были установлены кресты.

    В соборе был открыт зал органной и камерной музыки.  Орган устанавливала чехословацкая фирма «Ригер Клосс». Некоторое время помещение на­ходилось в совместном пользовании ко­митета по культуре и искусству Омской области, казачества и православной церкви.  Здесь устраивались благотвори­тельные концерты, проходил круг Сибирского казачьего войска, работала воскресная религиозно-нравственная школа, со­вершались богослужения. В 1997г. органный зал был перенесен в помещение бывшего кинотеатра «Художественный».  В 1997 году здание Никольского казачьего собора бы­ло передано Омско-Тарской епархии.

   Знаменит Войсковой казачий собор не только тем, что здесь хранилось победоносное знамя Ермака, но и тем, что это самый старый храм и  единственный уцелевший в годы советской власти войсковой храм города.